Laureato in Storia ecclesiastica all’Università Pontificia di Roma, nel 1991 prende gli abiti ecclesiastici. Insegna Storia ecclesiastica presso l’Istituto di Scienze delle religioni di Noto.

É in prima linea nella lotta alla pedofilia. Per meglio "gestire" la sua attività fonda l'associazione Telefono Arcobaleno che promuove interventi operativi e culturali su tutto il panorama italiano.

L’associazione segue da vicino le giovani "vittime" (con l'ausilio di operatori specializzati), principale attività dell'associazione è la lotta "via-internet" alla pedofilia. Con l’ausilio di oltre cinquanta collaboratori sparsi in tutto il mondo don Fortunato in pochi anni scova e denuncia circa tremila siti pedofili dove si trovavano esposte "immagini e testimonianze video di abusi sessuali su bambini".

L'associazione – in questa lotta informatica - si è addirittura avvalsa della collaborazione di alcuni hackers (pirati informatici): una volta individuato il sito contenente materiale pedo-pornografico, lo segnalano alle autorità competenti (polizia locale, magistratura, Interpool, Fbi) oltre che al provider che ha permesso l'apertura del sito medesimo.

In seguito all’approvazione della legge sulla pedofilia (n.269 del 3 agosto 1998) diviene membro della Commissione speciale per l’infanzia istituita dal governo italiano. La nuova disposizione normativa consente di perseguire giuridicamente chi si serve di Internet per acquistare, scambiare o anche solo trasmettere e visionare materiale pedo-pornografico. Internet infatti permette ai pedofili di tutto il mondo di scambiare materiale e informazioni pratiche in tempo reale, su dove reperire il materiale medesimo o addirittura i bambini per i loro turpi scopi”. Tuttavia don Fortunato mette in evidenza che "molti dei siti denunciati riaprono dopo pochi giorni con un nuovo nome, o non sono chiusi affatto".

Nel 1999 Telefono Arcobaleno apre un sito internet www.telarcobaleno.com. Il suo obiettivo è far viaggiare sulla rete il "no alla pedofilia" e raccogliere le segnalazioni di chi navigando su internet si imbatte in materiale pedo-pornografico (“cosa per altro facilissima fino a poco tempo fa bastava digitare Minnie o Walt Disney per entrare in siti pedo-pornografici che con i cartoni animati non avevano nulla a che vedere”).

Nel 2000 don Fortunato denuncia l’esistenza di una lobby politica che limita l’azione anti pedofilia condotta dall’associazione, dalla magistratura e dalle forze dell’ordine.
La vicenda suscita una grossa bagarre: per protesta Telefono arcobaleno chiude i battenti, ma dopo pochi mesi torna ad essere uno dei principali baluardi nella lotta alla pedofilia internazionale.

Di lui Angelo Fallico, del quotidiano La Sicilia, ha detto: "E’ una specie di giustizia privata quella alla quale si è affidato padre Fortunato Di Noto... La sua è una vera e propria crociata contro la pedofilia su Internet".