E' il leader della minoranza sciita. Deve la sua fama agli anni della resistenza antisovietica. Al momento dell'invasione dei sovietici (1979) è capitano dell'esercito che obbedisce al governo fantoccio di Najibullah. Si riifuta però di sparare contro la folla in un bazar. Si ammutina e uccide 350 consiglieri militari sovietici e tutte le loro famiglie.

Guida poi l'ammutinamento dell'intera guarnigione di Herat - città al confine con l'Iran - e diventa uno dei leader della resistenza. Libera la città nel 1992 e si autoproclama emiro. E' il governatore della provincia occidentale dal 1993 al 1995. La popolazione che vive nella zona tra Herat e tutto il Nord ovest del paese, è formata da contadini persiani, i Farswaa.

Nel 1995 Herat cade in mano ai Talebani. Nel 1997 Ismail Khan è imprigionato per un anno a Kandahar, ma riesce ad evadere. Dopo una fuga rocambolesca, giunge in esilio in Iran, dal cui governo riceve armi e finanziamenti.

Dopo l'intervento Usa in Afghanistan. Ismail Khan muove le proprie truppe su Herat. Poi, all'improvviso, dichiara di voler puntare su Kandahar. Afferma che "una volta caduta Kabul nelle mani dell'Alleanza del Nord, non c'è alcun bisogno che truppe straniere restino nel Paese. Poiché Kabul è stata liberata non è necessario per loro essere lì. Penso che la loro presenza sia un errore".

Il "signore della guerra" mette così in apprensione il Pentagono e si candida a recitare un ruolo di peso nella crisi afghana.