E' uno dei personaggi più controversi della recente storia dell'Afghanistan. Negli anni Settanta è un esponente di punta del partito islamico moderato Jamiat-i-Islami (Società islamica).

Dopo il colpo di Stato dei giovani ufficiali filosovietici guidati da Muhammad Daud del 1973, Hekmatyar fugge in Pakistan. Qui organizza un movimento di guerriglieri mujaheddin addestrati a combattere il regime di Kabul. Nel 1976 si stacca dalla Società islamica per fondare il Partito islamico (Hezb-i-Islami), con l'obiettivo di instaurare una repubblica islamica in Afghanistan sul modello di quella creata da Khomeini in Iran. Nel 1979 l'Urss invade il suo Paese ed Hekmatyar guida i suoi mujaheddin nella guerriglia contro gli invasori russi.

Dopo il ritiro dei sovietici (1989), il governo di Najibullah resiste tre anni. Nel 1993 cede alla "Santa Alleanza" (ibrida alleanza di tutte le formazioni che avevano combattuto contro i russi) che entra a Kabul. Ma la guerra civile continua tra le varie fazioni in lotta per il potere, soprattutto tra il gruppo fedele a Hekmatyar e quello che sostiene Burhanuddin Rabbani (leader della Società islamica) e il comandante Massud. Nel 1993 le due fazioni trovano un accordo: Rabbani è nominato presidente ed Hekmatyar primo ministro. Ma l'anno dopo si dimette per combattere nuovamente il rivale. Comincia un bombardamento sistematico di Kabul dalle colline circostanti. La capitale, praticamente illesa fino a quel momento, è distrutta dalle granate di Hekmatyar.

La minaccia crescente dei Talebani mette d'accordo i contendenti, che stringono un'alleanza contro i nuovi nemici: Hekmatyar torna a capo del governo. Nel 1996 i Talebani prendono Kabul e Hekmatyar fugge al Nord per unirsi ai gruppi che combattevano gli "studenti del Corano". Poco dopo ripara in Iran.

Quando gli Usa attaccano l'Afghanistan, annuncia di essere diposto a tornare in patria per combattere al fianco di Osama Bin Laden contro gli americani. Ma non la fa e aspetta il momento di rientrare in gioco.