Nel 1961 si laurea in Economia e Commercio presso l’università di Groningen in Olanda, dove tre anni dopo consegue anche il dottorato. Dopo una breve carriera come assistente universitario, nel 1970 diventa docente di Economia all’università di Amsterdam, incarico che lascia due anni dopo per assumere quello di ministro delle Finanze.
Dal 1978 al 1981 sospende l’attività politica per entrare come vice-presidente nel Comitato esecutivo della Babobank, che lascia per la Nederlandsche Bank, di cui diviene presidente fino al 1997. Un anno dopo, il 1° giugno, dopo essere stato presidente dell’Istituto Monetario europeo, viene nominato governatore della Banca centrale europea. La sua nomina fa discutere per via delle pressioni dei francesi che avrebbero voluto come presidente Jean Claude Trichet. Alla fine si arriva ad una soluzione di compromesso: Duisemberg, fortemente appoggiato dalla Bundesbank, rimarrà in carica fino al 2002 (quindi solo 4 anni sugli 8 stabiliti per statuto) per poi lasciare il suo posto appunto al francese Jean Claude Trichet.
In questi tre anni il numero uno di Francoforte è stato più volte criticato per le sue manovre di politica monetaria che non sono riuscite a dare stabilità e competitività alla moneta unica. Lui ha sempre replicato che ci vorrà tempo per far decollare l’euro e che per ora è importante controllare la stabilità dei prezzi.
L’economista Paul Samuelson di lui ha detto: “E’ presuntuoso. Troppo fermo sulle sue posizioni”.