I suoi genitori si separano quando ha nove anni e da allora inizia a vivere diviso tra la madre, il padre alcolizzato e i nonni. A 15 anni lascia la scuola e mentendo sulla propria età si arruola nell'esercito americano. A 17 mente di nuovo ed entra nella marina come radarista su una portaerei. Si congeda, e a 21 anni ha già alle spalle una denuncia per bancarotta e due matrimoni falliti.

All'età di 23 anni compra per 6mila dollari il suo primo bar a Dayton in Ohio. I guadagni non si fanno attendere e nel giro di un paio d'anni ne acquista altri tre. Nel 1968, poi, va a Phoenix per studiare il fenomeno dei cosiddetti "go-go dancing", i bar in cui viene praticato lo striptease e, tornato a Dayton, aprirà il primo di otto "Flynt's Go-Go dancing". Inizia anche a pubblicare un notiziario promozionale sulle ballerine dei suoi locali da inviare ai membri del suo strip club. Nel giro di un anno la pubblicazione passa dalle iniziali due pagine in bianco e nero a 32 pagine a colori.

Nel giugno 1974 esce il primo numero della rivista Hustler. Passa poco più di un anno e la diffusione sale alle stelle col numero dell'agosto '75, nel quale vengono pubblicate foto di Jacqueline Kennedy Onassis che prende il sole nuda. Nello stesso anno affida la direzione della rivista ad Althea Leasure, una ex spogliarellista di un suo club e ora sua attuale fidanzata.

I due si sposano nel 1976. Nello stesso anno vengono incriminati per pubblicazione di materiale osceno e crimine organizzato. Nel febbraio '77 Flynt viene condannato a pagare una multa da 11mila dollari e a scontare una reclusione da 7 a 25 anni di reclusione. Sei giorni dopo presenta il ricorso in appello, paga la cauzione e torna in libertà.

Il processo per oscenità si riapre il 6 marzo 1978. Mentre esce dal palazzo di giustizia della Georgia viene colpito all'addome da due colpi di fucile sparati da un fanatico moralista che rivendicherà come movente dell'attentato la pubblicazione su Hustler di un servizio fotografico nel quale compariva una coppia interrazziale. La ferita gli paralizza in maniera irreversibile l'intera parte inferiore del corpo e lo costringe su di una sedia a rotelle.

Con alterne vicende gli atti giudiziari si susseguono ancora fino alla metà degli anni 80. Nella primavera del 1987 Althea, alla quale era stato diagnosticato l'Aids dal 1983, muore annegata nella vasca da bagno in seguito a un'overdose.

Il 24 febbraio 1988, in una delle cause contro di lui (Falwell contro Flynt) la Corte Suprema vota all'unanimità a favore di Flynt, che non ha mai smesso di appellarsi al primo emendamento della Costituzione americana, che sancisce la libertà di parola e di stampa.

Nel 1997 il regista cecoslovacco Milos Forman porta sullo schermo la sua biografia: The People vs. Larry Flynt, pellicola che si aggiudicherà l'orso d'oro alla 47esima edizione del Festival del cinema di Berlino.

Nel 1998 si sposa a Los Angeles con la sua ex infermiera, Elizabeth Barrios. Nonostante le numerose cause a suo carico il suo impero editoriale continua ad espandersi, andando a coprire anche settori lontani da quello della pornografia.

Di lui Milos Forman ha detto: "Tutto il peggio e tutto il meglio che avete sentito e visto su Larry Flynt è vero. Proprio come per l'America".