Ministro del Lavoro, Salute e Politiche sociali nel secondo governo Berlusconi. Dopo la laurea in Giurisprudenza diventa responsabile dell'ufficio legale della sede italiana di una multinazionale statunitense. Incarico che lascia per dedicarsi all’attività politica entrando a far parte della Lega lombarda fin dalla sua fondazione. La prima carica che assume è quella di segretario provinciale della Lega a Varese. Nel 1990 viene eletto consigliere comunale sempre di Varese ed entra nel consiglio nazionale della Lega.

Diventa deputato per la prima volta nelle politiche del 1992, nella circoscrizione Como-Sondrio-Varese, contemporaneamente viene nominato prima vicepresidente del gruppo parlamentare leghista alla Camera, poi capogruppo al posto di Formentini, eletto sindaco di Milano.

Da tutti considerato il braccio destro di Umberto Bossi, alle elezioni del 1994 con la vittoria della coalizione del centro-destra (composta da Forza Italia e An) Maroni ottiene la doppia carica di vicepresidente del Consiglio e ministro dell'Interno nel primo governo di Silvio Berlusconi. Ma nel dicembre dello stesso anno Bossi ritira i suoi deputati dalla maggioranza e il governo cade (è il cosiddetto “ribaltone”). Maroni non ci sta. La sua posizione all'interno del partito si fa difficile, tanto da arrivare quasi alla rottura: al congresso della Lega, nel febbraio ‘95 Maroni è accolto da fischi e richieste di dimissioni.

Alla fine, invece, il legame con Bossi si ricostruisce e alle elezioni del 1996 Maroni viene eletto nel proporzionale. Nel ’98 viene condannato a otto mesi per resistenza e oltraggio a pubblico ufficiale per gli incidenti avvenuti a Milano in via Bellerio davanti alla sede della Lega Nord, nel settembre 1996.

Alle elezioni del 13 maggio 2001, Maroni viene eletto alla Camera nel maggioritario a Varese. Di lui si parla come del quasi sicuro ministro della Giustizia, ma gli viene, invece, affidato l’incarico di ministro del Lavoro, Salute e Politiche sociali.

Luigi Rossi, portavoce della Lega nord alla Camera, quando Maroni partecipò al congresso di An nel ‘95 di lui ha detto: “Mi auguro che Maroni tragga le conseguenze da questo suo comportamento, lasciando la Lega della quale non può più far parte”.