Giovanni Scattone compie i suoi studi a Roma dove frequenta la scuola elementare Montessori, il liceo classico Vivona e l'università La Sapienza. Si laurea in filosofia con 110 e lode con una tesi sulla filosofia della scienza dal titolo Il problema mente-corpo.

Studia gli empiristi inglesi del '700, Hume in modo particolare, e i filosofi liberali americani del '900. Ama la narrativa americana e russa. I suoi romanzi preferiti sono Il Grande Gatsby di Francis Scott Fitzgerald e I Fratelli Karamazov di Dostojevski. Ha la passione per il cinema, il suo film preferito è Film blu di Kieslowski. Ama viaggiare e frequentare gli amici. Pratica da anni tennis, sci, pallavolo, conosce la cucina di base ma sa fare "anche alcune specialità": La sua vita "normale" si interrompe il 9 maggio del 1997, quando in seguito all'omicidio della studentessa romana Marta Russo, viene indicato come il principale indiziato. La Corte d'Assise lo riconosce colpevole di omicidio colposo sia nel primo che nel secondo grado di giudizio, condannandolo a sette anni di reclusione nel primo procedimento e a otto nel secondo. La decorrenza dei termini di custodia cautelare gli evita la prigione. Scattone continua a dichiararsi innocente e si appella alla Corte di Cassazione che il 6 dicembre 2001 annulla il processo in Corte d'Assise d'appello. Si ricomincia da capo.

Il 14 ottobre 2001 si sposa segretamente con Cinzia Giorgio conosciuta dopo una lunga corrispondenza nata quando l'assistente dell'Istituto di Filosofia del Diritto era in carcere.

Di lui Giovanni Valentini, editorialista di La Repubblica ha detto: "Perché un giovane e brillante studioso, incensurato, destinato a una sicura carriera accademica, avrebbe dovuto trasformarsi in assassino?".