Nasce da una famiglia di minoranza Alawi. Dopo una brillante carriera militare nella Air Force siriana, percorso tipico per un membro maschile di una minoranza come gli Alawi (ramo dell'Islam) generalmente troppo poveri per potere ottenere una migliore educazione, svolge un ruolo importante nel colpo di stato del 1963 che permette al partito Baath di salire al potere. In questo nuovo governo Assad viene nominato ministro della Difesa, ma presto viene allo scontro con il leader della giunta, generale Salah Jadid; si dimette dalla carica di ministro e forma una fazione nazionalista. Assad contrasta la politica di sinistra di Jadid, che provoca l'isolamento della Siria nel panorama internazionale, preferendo un approccio pragmatico. Rigetta una caratterizzazione troppo vicina all'Unione Sovietica mirando, invece, ad una più stretta collaborazione araba.

Nel febbraio del 1969 estromette il generale Jadid attraverso un semi colpo di stato e, nel novembre del 1970, prende il controllo totale diventando primo ministro. Assume i poteri presidenziali nel febbraio del 1971 e viene confermato a marzo. Da questo momento viene rieletto nel 1978, nel 1985, nel 1992 e nel 1999.

Nell'arco dei trent'anni del suo governo Assad dà alla Siria una rilevante stabilità; ma il sistema politico è costruito sulla forza armata, in modo tale che le armi siano, allo stesso tempo, simbolo del potere siriano ma anche sistema di controllo del paese. In più di una occasione le armi vengono usate contro la stessa popolazione per garantire la stabilità. La politica di Assad non raggiunge risultati considerevoli in ambito economico: il rigido sistema di controllo politico si ripercuote anche sul sistema produttivo, scoraggiando le compagnie su possibili progetti di imprese e, in generale, gli investimenti.

Nei confronti di Israele il presidente Assad assume una linea dura. Rifiuta di riconoscere formalmente lo Stato ebraico ed è determinato nel non apparire debole nei negoziati con lo stesso. In ogni caso la Siria partecipa alla Conferenza di Pace di Madrid, lasciando aperta la strada del dialogo con Israele sulla questione dell'occupazione del Golan (le alture del Golan sono state annesse ufficialmente dall'amministrazione di Begin nel 1981, ma l'annessione non è stata riconosciuta a livello internazionale). Il rifiuto di Israele a restituire questa parte del territorio siriano è il maggiore ostacolo alla pace e alle normali relazioni tra i due paesi.

La figura di Assad è caratterizzata dalla cautela, pazienza e una forte linea pragmatica, oltre alla sua particolare durezza nei negoziati.

Alla sua morte, la leadership del partito Baath sceglie il suo secondogenito Bashar per succedergli.