Il 13 maggio 2000 (esattamente 19 anni dopo l'attentato), nel corso di una visita pastorale al santuario di Fatima in Portogallo, Giovanni Paolo II decide di rivelare, per bocca del cardinale Angelo Sodano, il terzo segreto di Fatima. Si tratta della terza parte di una rivelazione che la Madonna avrebbe fatto a tre pastorelli portoghesi Lucia, Giacinta e Francesco il 17 maggio 1917. Giacinta e Francesco muoiono nel giro di pochi anni, Lucia si fa suora nel 1928. Nel 1941, su richiesta del suo vescovo Monsignor Josè Alves Correia da Silva, scrive un resoconto dell'apparizione. Il testo è articolato in tre profezie. Le prime due vengono consegnate a Papa Pio XI che le rende pubbliche nel 1942, in occasione della consacrazione del mondo al Cuore Immacolato di Maria. La prima annuncia la fine della prima guerra mondiale e lo scoppio della seconda.

La seconda profezia annuncia invece l'ascesa dell'Unione Sovietica come potenza atea. La terza profezia viene scritta da Suor Lucia il 3 gennaio 1944 e affidata al Vescovo di Leiria che le affida a Papa Pio XII. Questo terzo segreto, su indicazione di Suor Lucia, sarebbe stato rivelato al mondo solo dopo il 1960, ma né Giovanni XXIII né i suoi successori rendono pubblico il documento. La rivelazione di Giovanni Paolo II è perciò una sorpresa assoluta. Sodano annuncia al mondo che il terzo segreto profetizza la lotta dei sistemi atei contro la chiesa e, in particolare, il fallito attentato a Giovanni Paolo II. "Un vescovo vestito di bianco cade a terra come morto, sotto i colpi d'arma da fuoco". Per Sodano è possibile una sola chiave di lettura di carattere simbolico: nel 1981 è stata la Vergine a salvare il Papa guidando la traiettoria del proiettile sparato da Agca. Giovanni Paolo II è sempre stato convinto di questo, tanto che dal 1984 il proiettile estratto dal suo corpo è incastonato nella corona della statua della Madonna di Fatima in segno di ringraziamento.

Non mancano le reazioni polemiche alla rivelazione. Gli ayatollah iraniani, ad esempio, sostengono che le apparizioni non riguardano la Madonna ma la santa musulmana Fatima, figlia di Maometto e Kadigia. Il 26 giugno il terzo segreto viene reso noto nella sua interezza. In molti fanno notare che non c'è alcun riferimento all'attentato al Papa. Nella visione dei pastorelli, infatti, il Santo Padre non "cade a terra come morto", ma viene "ucciso da un gruppo di soldati che gli sparano vari colpi di arma da fuoco e frecce".